原理: RIP(RNA Binding Protein Immunoprecipitation,RNA結(jié)合蛋白免疫沉淀),它能識(shí)別在體內(nèi)細(xì)胞環(huán)境中DNA的目標(biāo)DNA結(jié)合蛋白。RIP可以用來識(shí)別特定的RNA分子(多種)與特定的核或胞質(zhì)蛋白之間的相互作用。這些實(shí)驗(yàn)包括免疫共沉淀內(nèi)源生成的RNA結(jié)合蛋白免疫復(fù)合物和與RNA結(jié)合蛋白相互作用的任何一種獨(dú)立的RNA。這些RNA種類的提純使得能夠鑒定和識(shí)別mRNA (以及與它們相關(guān)的潛在非編碼RNA)并且可以直接用各種實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證,包括定量RT-PCR、基因芯片(RIP-chip)和深度測序或2 代測序基礎(chǔ)平臺(tái)(RIP-Seq)。
應(yīng)用:
RIP可以看成是普遍使用的染色質(zhì)免疫沉淀ChIP技術(shù)的類似應(yīng)用,但由于研究對(duì)象是RNA-蛋白復(fù)合物而不是DNA-蛋白復(fù)合物。95%的人類基因組并不編碼基因,而是產(chǎn)生大量的非編碼RNA,真正編碼蛋白質(zhì)的基因只占人類總基因組的約2%。這些非編碼RNA在生命的生長發(fā)育的各個(gè)階段都發(fā)揮著重要的調(diào)節(jié)作用,與艾滋病、白血病、糖尿病、畸形等多種病變密切相關(guān),并且參與著干細(xì)胞和表觀遺傳學(xué)調(diào)控。而RNA-蛋白復(fù)合物驅(qū)動(dòng)了幾乎所有細(xì)胞過程的基因表達(dá)的轉(zhuǎn)錄后調(diào)控,包括剪接(splicing)、出核轉(zhuǎn)運(yùn)(nuclear export)、mRNA 穩(wěn)定性以及蛋白轉(zhuǎn)譯過程,因此,對(duì)基因調(diào)控的了解就有賴于確定這些過程中RNA的結(jié)合的變化。因此,RNA研究也被越來越多的科學(xué)家重視起來,目前已經(jīng)成為生命科學(xué)研究中一個(gè)炙手可熱的領(lǐng)域,而RIP技術(shù)也逐漸成為RNA研究領(lǐng)域的一項(xiàng)常規(guī)方法,幫助我們了解越來越受關(guān)注的轉(zhuǎn)錄后調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。
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經(jīng)典文獻(xiàn):
Peng Z, et al. Comprehensive analysis of RNA-Seq data reveals extensive RNA editing in a human transcriptome. Nat Biotechnol. 2012.30(3):253–260.
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服務(wù)模式:
客戶提供:
① 活細(xì)胞:培養(yǎng)細(xì)胞至60-80%密度,然后加滿培養(yǎng)基寄給公司;
② 基因信息、物種信息及ID。
③ 一抗。
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公司提供:
實(shí)驗(yàn)報(bào)告(材料、試劑、儀器、方法、數(shù)據(jù)分析、實(shí)驗(yàn)結(jié)果)。
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